مروری بر آثار چاپ‌نشده مرحوم شاه‌آبادی
علاوه بر آثاری که در زمان حیات آیت‌الله شاه‌آبادی و پس از آن از ایشان منتشر شده، آثاری نیز به صورت خطی بر جای مانده است. این نسخه‌های خطی که تعدادی از آنها در چند سال اخیر به دست آمده، گستردگی ابعاد علمی ایشان را بهتر نشان می‌دهد. نکته دیگر آن است که ایشان گاه به استنساخ کتاب‌های دیگران می‌پرداختند. به این ترتیب بخشی از این دست‌نوشته‌ها به استنساخ‌های ایشان بازمی‌گردد. در نهایت تعدادی از این آثار به قلم ایشان بوده اما انتساب آنها به آیت‌الله شاه‌آبادی قطعی نیست و احتمال استنساخ بودن آنها می‌رود.
در ذیل این سه دسته آثار خطی به طور مختصر معرفی شده‌اند:
۱. منازل‌السالکین
بر کتاب شرح کتاب «منازل‌السائرین» خواجه عبدالله انصاری بیش از ده شرح نگاشته شده است. خواجه منازل سلوک را به صد منزل تقسیم کرده است. این کتاب نیز شرحی دیگر بر اثر خواجه عبدالله بوده است. آیت‌الله شاه‌آبادی هر منزل را به ده بیت تقسیم کرده‌اند. به این ترتیب در اصل کتاب، منازل سلوک را به هزار منزل رسانده بودند. از آنجا که مؤلف در کتاب شذرات (معرفه ۱۱۵) از آن کتاب نام برده‌اند معلوم می‌شود که تألیف کتاب منازل بر شذرات مقدم بوده است. ایشان کتاب را به منظور استنساخ به یکی از شاگردان خود به نام آقای ملک خلاقی می‌دهند و وی در میانه استنساخ از دنیا می‌رود. تلاش‌های آیت‌الله شاه‌آبادی برای یافتن نسخه اصلی پس از مرگ شاگرد، ناتمام می‌ماند و نسخه اصلی از دست می‌رود. ظاهراً ایشان دوباره دست به نگارش کتاب زده‌اند و بخش‌هایی از آن را بازنویسی کرده‌اند. آنچه اکنون یافت شده است، شش منزل با توضیحات کامل آنها (هر یک در ده بیت) در ۳۵۲ صفحه است. این اثر در مراحل تصحیح و تحقیق برای آماده‌سازی جهت انتشار قرار دارد.
نام منازل و بیت‌های نسخه فعلی عبارت‌اند از:
- المنزل الاول؛ یقظة:
o البیت الاول: التیقظ بالرفیق لسلوک الطریق
o البیت الثانی: التیقظ بوجود المقصد
o البیت الثالث: التیقظ بامکان السیر
o البیت الرابع: التیقظ بامکان الوصول
o البیت الخامس: التیقظ بمبدأ الحرکه
o البیت السادس: التیقظ التصریق و الحکم بلزوم المسافرة
o البیت السابع: التسقظ العزم و التوطین
o البیت الثامن: التیقظ بالادارة الجازمة للسلوک
o البیت التاسع: التیقظ بجناح الراحه
o البیت العاشر: التیقظ بجناح الحرمه للطیران. - المنزل الثانی، التوبه:
o البیت الاول: الاحتماء
o البیت الثانی: المحاکمه بین العقل و الجهل
o البیت الثالث: الاستغاثة
o البیت الرابع: رجم الشیطان بالاستعاذة
o البیت الخامس: الاطفاء (النائره الشهوه)
o البیت السادس: الانقیاد
o البیت السابع: العزم
o البیت الثامن: الادبار
o البیت التاسع: الانفعال
o البیت العاشر: الاحتراق - المنزل الثالث: المحاسبه
o البیت الاول: الحکمة
o البیت الثانی؛ النظرة
o البیت الثالث: المنة
o البیت الرابع: الحجة
o البیت الخامس: الحضرة
o البیت السادس: الحقارة
o البیت السابع: العظمة
o البیت الثامن: النعمة و الفتنة
o البیت التاسع: المغفرة
o البیت العاشر: الضنّة - المنزل الرابع: الإنابة
o البیت الاول: الانزجار
o البیت الثانی: الانفطار
o البیت الثالث: الانکسار
o البیت الرابع: الانجبار
o البیت الخامس: الاغبار - المنزل الخامس: تفکر
- المنزل السادس: تذکر.
۲. درر الکفایه (شرح کفایه)
این کتاب شرحی است بر کفایه در دو دفتر توسط خود ایشان تألیف و نگاشته شده است. سبک نگارش آن به صورت «صدف فیه درر و هو قوله دام‌ظله‌العالی …. اقول …» است. این کتاب قطعاً تألیف آیت‌الله شاه‌آبادی است و با گزارش‌های فرزندان ایشان از آثارشان نیز هم‌خوانی دارد.
۳. حاشیه بر مصباح‌الانس
کتاب «مصباح الانس» شرحی است مزجی از ابن‌حمزه فناری بر مهمترین اثر صدرالدین قونوی یعنی مفتاح الغیب و یا مفتاح غیب الجمع و الوجود، و متن و شرح هر دو از منابع مهم عرفان نظری و از متون آموزشی در این رشته است.
شارح همه عبارات متن را در شرح نیاورده و آنچه را آورده گاه با تغییراتی همراه است و در مجموع متن و شرح را به گونه‌ای به هم آمیخته که جز با علایم و نشانه‌ها تفکیک آنها از یکدیگر ممکن نیست. شارح در تبیین قواعد کشفی به لسان عقل سعی بلیغی نموده و کوشیده است تا هماهنگی عرفان و برهان و عقل و دل و شهود و نظر را نشان دهد و از این رو کتاب را مصباح‌الانس بین‌المعقول و المشهود نامیده و در این جهت به قدوة العارفین، صدرالدین قونوی تأسی نموده است زیرا او نیز در بسیاری از آثار خود هماهنگی عرفان و برهان را نشان داده است. آیت‌الله شاه‌آبادی مجموعاً در ۵۰ مورد بر این کتاب حاشیه‌نگاری کرده‌اند که بیشتر حاشیه‌ها کوتاه بوده و برخی از آنها به شکل تصحیح کتاب‌اند.
۴. حاشیه بر کتاب ریاض المسائل
کتاب ریاض‌المسائل فی تحقیق الاحکام بالدلائل نوشته سید علی‌بن‌محمد‌علی‌بن‌ابی‌المعالی طباطبایی حائری (۱۲۳۱-۱۱۶۱ق) و به زبان عربی و در موضوع فقه استدلالی است. این کتاب از شرح‌های معتبر کتاب النافع فی مختصر الشرایع معروف به «مختصر النافع» تألیف محقق حلی (م. ۶۷۶ ق) می‌باشد. آیت‌الله شاه‌آبادی مجموعاً در قریب به ده موضع حواشی بر این کتاب نگاشته‌اند.
۵. نوشته‌هایی در ادبیات عرب (صرف، نحو، معانی و بیان)
در خاطرات فرزندان آیت‌الله شاه‌آبادی آمده است که ایشان کتابی در موضوع صرف در ۹۰ درس، ظاهراً به قصد کتابی آموزشی برای مدرسه‌ای در تهران — که خود ایشان تأسیس کرده بودند و بعدها تبدیل به درمانگاه شد — نگاشته بودند و فرزندان نیز آن را درس می‌گرفتند. این کتاب در زمان ایشان با چاپ سنگی منتشر شده هر چند علی‌رغم جستجوی فراوان هنوز نسخه چاپی آن به دست نیامده است. آنچه موجود است جزواتی است با نام «دروس صرفیه» که احتمال می‌رود استنساخ بخشی از کتاب باشد. همچنین دست‌نوشته‌هایی درس‌درس در مباحث نحوی و معانی و بیان نیز موجود است و شاید مجموع این موارد، همگی اجزای یک کتاب واحد را تشکیل بدهد.
۶. الکبائر و الصغائر
مرحوم آیت‌الله شاه‌آبادی در «العقل و الجهاله» به نوشته‌ای از خود با نام «الکبائر و الصغائر» اشاره می‌کنند. اما تا کنون نسخه‌ای از آن پیدا نشده است.
۷. نوشته‌های پراکنده فقهی
نوشته‌های مختصر و پراکنده‌ای نیز در مباحث فقهی از ایشان موجود است. از جمله رساله‌ای کوتاه در حرمت ربا و آثار آن و بخش‌هایی از کتاب الحدود و التعزیرات.
۸. جزواتی در علم جفر
بیشتر این جزوات در اوراق جداگانه و پراکنده موجود است و مشخص نیست همه آنها تألیف آیت‌الله شاه‌آبادی باشد و احتمال می‌رود حداقل برخی از آنها استنساخ ایشان باشد. ترتیب‌بندی و تصحیح این اوراق نیازمند جستجو برای تکمیل جزوات و همچنین تخصص در علوم جفر و مانند آن دارد. در حال حاضر دو جزوه در علم جفر وجود دارد، یکی در ۲۵ صفحه A4 و جزوه‌ای در ۱۲ صفحه.